Ces séquenceur intègrent le plus souvent des échantillonneurs, capables de jouer des fichiers audio (WAV, AIFF, MP3...) en plus des instruments émulés par la banque de sons disponible sur l'ordinateur. Ceci est analogue à l'effet produit par un séquenceur matériel couplé à un échantillonneur. Il arrive également que ces produits intègrent un expandeur.
Quelques logiciels intégrant un séquenceur
Ardour (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets, contrôleur MIDI)
LMMS (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets, contrôleur MIDI)
Logic Pro (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets, expandeur, contrôleur MIDI, éditeur de partitions)
Cubase (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets, contrôleur MIDI, éditeur de partitions)
Reason (expandeur, échantillonneur, processeur d'effets, séquenceur, contrôleur MIDI)
Pro Tools (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets hauts de gamme, contrôleur MIDI)
ACID Pro (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets, contrôleur MIDI)
Sensomusic Usine (séquencer modulaire)
Soundtrack Pro (expandeur, échantillonneur, processeur d'effet, séquenceur)
magix (séquenceur, échantillonneur, processeur d'effets hauts de gamme, contrôleur MIDI)